Antes de empezar: reportar y publicar tienen alcances distintos. La publicación de datos abiertos sobre biodiversidad es un ejercicio voluntario; por otro lado, el reporte es un proceso para dar cumplimento a la regulación ambiental.
Una explicación sobre ambos modelos y su alcance está disponible en este artículo: Reportar y publicar datos sobre biodiversidad tienen alcances diferentes: ¿los conoces?
Guía para reportar
Enlaces a las herramientas para reportar los datos y generar el certificado de reporte:
Herramienta IPT Herramienta CR-SiB
1. Crear el nuevo recurso
La creación del recurso se hace mediante la herramienta de publicación integrada de datos (IPT, del inglés Integrated Publishing Toolkit), para esto se debe contar con el conjunto de datos estandarizado y las credenciales de acceso.
1.1 Solicitar credenciales de acceso
Las credenciales de acceso, compuestas por el nombre de usuario y la contraseña, se obtienen registrando al titular del permiso de recolección como proveedor de datos. Esto se solicita en la sección de registro de nuestro sitio web.
Este paso solo hay que hacerlo la primera vez que se van a reportar datos. Para verificar si un titular del permiso ya es proveedor, se puede consultar este enlace.
En caso de ya ser proveedor y desconocer las credenciales de acceso, comunícate con el contacto consignado en el registro para obtenerlas.
1.2 Preparar los datos para el reporte
Los datos deben ser organizados en una estructura de tabla utilizando el estándar Darwin Core (DwC). Para esto se puede usar la versión más reciente de la plantilla de Excel creada para registros biológicos y la extensión de permisos, disponible en la sección Plantillas Darwin Core de este sitio.
¿Necesitas ayuda para poner los datos en la plantilla? Consulta el laboratorio de estandarización de datos en DwC.
La calidad del conjunto de datos se puede evaluar antes de reportarlo usando la herramienta GBIF Data Validator. Si necesitas ayuda validando los datos, puedes consultar el laboratorio y videotutorial de esta herramienta.
1.3 Crear el recurso en el IPT
Usa las credenciales para ingresar a la herramienta IPT, disponible en el enlace ipt.biodiversidad.co/permisos.
Para crear el nuevo recurso, selecciona la opción Gestión de recursos del menú. Allí se debe asignar un nombre corto al recurso (este debe ser todo en minúsculas, sin espacios y, preferiblemente, descriptivo; ya que será asignado a la URL del reporte) y el tipo de conjunto de datos a reportar, para este caso: Registros biológicos.
Con esos dos aspectos definidos, solo falta hacer clic en el botón Crear.
2. Cargar el conjunto de datos y la extensión de permisos
Una vez creado el recurso, se debe cargar la plantilla DwC, con los datos validados y estandarizados, y la extensión de permisos. Antes de hacer la carga se debe eliminar de la plantilla la traducción en español de los encabezados.
2.1 Cargar los archivos
Antes de cargar, es indispensable que la primera fila del archivo contenga los encabezados con el nombre de los elementos DwC en inglés y exportar la hoja de cálculo en formato de texto plano delimitado por tabulaciones con extensión .txt; estos son los archivos que se cargarán.
¿Necesitas ayuda para transformar el formato de los archivos? Consulta nuestra sección de preguntas frecuentes.
La carga de los dos archivos: plantilla con los datos y extensión de permisos, debe hacerse por separado.
Para cargar cada archivo, desde la franja Conjunto de datos, elegir la opción Archivo del desplegable_,_ seleccionar el archivo a cargar y hacer clic en el botón Agregar. Se debe ingresar el valor 1 en el campo Número de filas del encabezado. Si el archivo está en formato de Excel (extensión .xlsx), se debe indicar la hoja en la que están documentados los registros biológicos o la extensión y hacer clic en Guardar.
2.2 Mapear los elementos Darwin Core
La carga del conjunto de datos no está completa hasta que se haga el mapeo DwC. Esta verificación está automatizada en la herramienta, siempre y cuando los encabezados del archivo coincidan con el estándar en inglés.
Para iniciar esta verificación, desde la franja Mapeo Darwin Core se debe seleccionar de la lista desplegable la opción Darwin Core Occurrence y hacer clic en el botón Agregar, validar que se aplicará sobre el archivo que se está cargando y hacer clic en Guardar.
En caso de que un encabezado presente algún problema, éste se mostrará en la parte inferior de la página, después de las columnas automapeadas. Esto servirá para verificar la correspondencia de las columnas con los elementos del estándar y hacer las correcciones pertinentes.
Para mapear la extensión se deben seguir los mismos pasos pero seleccionando de la lista desplegable la opción GGBN Permit Extension.
La verificación que hace el mapeo DwC, en los archivos de la plantilla con los datos y la extensión de permisos, es necesaria para garantizar la correcta carga de toda la información.
3. Documentar los metadatos
Este paso permite dar contexto a los datos cargados. Para esto, es importante conocer las características del proyecto y las condiciones en las que se llevó a cabo la toma de los datos. Preguntas como qué, cómo, cuándo, dónde y quién, ayudan a tener claridad sobre los especímenes recolectados, la metodología de recolección, las coordenadas de georreferenciación y los involucrados.
Para documentar los metadatos del reporte, selecciona Editar desde la franja Metadatos y completa la información solicitada en los formularios de los Metadatos básicos, la Descripción, los Contactos del recurso, los Creadores del recurso y los Proveedores de los metadatos.
¿Necesitas ayuda para crear el recurso y cargar los datos? Consulta el laboratorio de documentación de metadatos.
Nota: Las organizaciones que únicamente reportan datos no se encuentran registradas como publicadoras ante GBIF. Por lo tanto, en su proceso de documentación de metadatos, la plataforma arrojará el siguiente mensaje de alerta que puede omitirse:
Para aclarar las diferencias entre los modelos de reporte y de publicación, consulta el artículo de nuestro blog Reportar y publicar datos sobre biodiversidad tienen alcances diferentes: ¿los conoces?
4. Hacer público el conjunto de datos
Este paso permite que el recurso quede disponible en la instancia de la herramienta IPT, mediante una URL persistente, para la generación del certificado. Para esto, es necesario que el conjunto de datos aparezca como Público en la franja Visibilidad.
Este ajuste se hace desde la sección Vista general del recurso. Es necesario que primero se cambie el estado del recurso a público y luego clic en publicar; siempre en este orden._ _
La URL del reporte ya publicado se consulta en la sección Vista general del recurso en la franja _Versiones publicadas / última versión. _Esta URL es indispensable en el siguiente paso.
Con este reporte, es posible aumentar el reconocimiento y atribución de la organización, como publicadora de datos del SiB Colombia. Si estás interesado en que esto suceda, escribe a sib@humboldt.org.co.
5. Generar el certificado
Ingresa a la herramienta CR-SiB con las mismas credenciales de acceso asignadas al IPT. Está disponible en el enlace http://biodiversidad.co/certificados/publicacion-permisos/.
Completa la información solicitada en los formularios. Para esto es indispensable contar con la URL o DOI del recurso publicado y toda la información del titular del permiso.
Este certificado es el soporte exigido por parte de la autoridad ambiental como evidencia del reporte de los datos a través del SiB Colombia.
Si tienes dudas sobre el reporte de datos, puedes consultar la sección Preguntas frecuentes de este sitio.
Insumos útiles para reportar datos
Estandarización de los datos
- Laboratorio de estructuración y calidad de datos
- Guía de estandarización de datos en DwC
- Guía de estandarización con extensiones DwC
- Estandarización de datos al estándar DwC (video)
Validación de la calidad de los datos
- Validación de datos con GBIF data Validator
- Laboratorio de validación y limpieza
- Guía de open refine
- Guía de validación taxonómica con Species Matching
- Guía de conversión de coordenadas
- Guía de conversión de fechas
Última actualización: 2022-05-06