Amanita muscaria Fotografía de: Quimbaya Flickr

Plantillas Darwin Core

Esta serie de plantillas son punto de partida para facilitar la estandarización de datos haciendo uso del Darwin Core (DwC).

Para la publicación de datos sobre biodiversidad se han creado tres plantillas de acuerdo a los tipo de datos que se pueden compartir a través del SiB Colombia. Estas plantilla están estructuradas bajo el estándar Darwin Core y cuenta con los elementos necesarios del Core del estándar para la publicación.

Si su conjunto de datos cuenta con datos relacionados como rasgos funcionales, referencias bibliográficas, secuencias genéticas, imágenes, vídeo, sonidos, entre otros, y desea que hagan parte de la publicación, recuerde mencionarlo en el correo que envíes para inciar el proceso de acompañamiento a la publicación y se te apoyará en la estructuración y ajuste de estos datos adicionales, posiblemente con el uso de las extensiones del estándar Darwin Core.

Cómo usar las plantillas

  1. Lea la hoja de instrucciones de cada plantilla para conocer su estructura, modo de navegación y uso.
  2. Dependiendo del origen de sus datos identifique en la primera hoja de la plantilla los elementos obligatorios.
  3. Identifique a que elemento DwC corresponde cada una de las columnas en su conjunto de datos original.
  4. Revise la definición del elemento DwC y verifique su coherente con el contenido de sus datos.
  5. Verifique que el contenido cumpla con el formato y el vocabulario controlado para el elemento DwC.
  6. Copie y pegue sus datos bajo el elemento (columna) correspondiente dentro de la plantilla, documente sólo las columnas para las que posea o pueda inferir información.
  7. Repita el proceso con todas las columnas de sus datos. Si no encuentra similitud entre sus datos y un elemento de esta plantilla, puede revisar las plantillas de extensiones o comunicar su inquietud al correo sib@humboldt.org.co.
  8. Elimine los elementos de la plantilla que no documentó.
  9. Consulte los laboratorios de datos o la caja de herramientas para validar y mejorar la calidad de sus datos.
  10. Para la publicación de los datos envíe esta plantilla a sib@humboldt.org.co. Para mas información sobre el proceso de publciación consulte la guía de publicación.

Para un ejemplo práctico sobre el uso de las plantillas consulte el laboratorio de estructuración y calidad: https://biodiversidad.co/formacion/laboratorios/LabEstructuracionCalidad

Plantillas

Registros biológicos

Use esta plantilla si sus datos:

  • Corresponden a avistamientos directos de especímenes, colectas temporales o capturas in situ (en su hábitat natural) que estarán asociadas a un voucher o soporte de referencia físico.
  • Documentan atributos como: nombre científico, fecha de colecta, ubicación, sexo, edad, comportamiento, etc., de un organismo o grupo de organismos dentro de un contexto específico.
  • Estan soportados por una fotografía, un sonido u otro tipo de soporte digital, o por el espécimen en físico do en una colección biológica, museo de historia natural, herbario, etc.
  • Corresponden a eventos de muestreo siempre y cuando se documenten los elementos obligatorios para esta fuente de datos y no se requiera documentar datos abioticos asociados al evento.
Descargar última versión v4.0

Cambios realizados respecto a la versión 3.5:

  • Se incluyen 10 nuevos elementos incorporados en la última versión del estándar (2021-08-24).
    • degreeOfEstablishment (Medios de establecimiento)
    • pathway (Medios de establecimiento)
    • recordedByID (ID del organismo)
    • identifiedByID (ID de la identificación)
    • verticalDatum (Datum vertical)
    • verbatimIdentification (Identificación original)
    • subfamily (Subfamilia)
    • genericName (Nombre genérico)
    • infragenericEpithet (Epíteto infragenérico)
    • cultivarEpithet (Epíteto cultivar)
  • Todas las definiciones y vocabularios controlados fueron actualizadas incluyendo comentarios para facilitar la compresión de los elementos
  • Cambio de obligatoriedad
    • El elemento datasetId deja de ser obligatorio para datos asociados a un permiso de recolección o acceso a recursos genéticos.
    • El elemento datasetName deja de ser obligatorio para datos asociados a un permiso de recolección o acceso a recursos genéticos.
    • La Extensión de permisos GGBN pasa a ser obligatoria para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos y remplaza el uso de los elementos datasetId y datasetName.
    • El elemento disposition deja de ser opcional y pasa a ser obligatorio para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos.
  • Cambios en las instrucciones
    • Se mejoran las instrucciones
    • Se incluye enlaces a la documentación oficial del estándar
Historial de versiones Plantilla de Registros Biológicos v3.5

Cambios realizados respecto a la versión 3.4:

  • Definiciones actualizadas
    • basisOfrecord
    • disposition
    • preparations
    • organismQuantity
    • organismQuantityType
  • Cambio de obligatoriedad
    • El elemento individualCount deja de ser obligatorio y pasa a ser recomendado.
    • El elemento organismQuantity deja de ser opcional y pasa a ser obligatorio para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos.
    • El elemento organismQuantityType deja de ser opcional y pasa a ser obligatorio para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos.
    • El elemento disposition deja de ser opcional y pasa a ser obligatorio para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos.
    • El elemento preparations deja de ser recomendado y pasa a ser obligatorio para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos.
  • Cambios en las instrucciones
    • Se añaden elementos obligatorios a la tabla de instrucciones
    • Actualización citación
Plantilla de Registros Biológicos v3.4

Cambios realizados respecto a la versión 3.3:

  • Definiciones actualizadas
    • basisOfrecord
    • institutionCode
    • collectionCode
    • catalogNumber
    • type
    • institutionID
    • collectionID
    • datasetID
    • datasetName
    • scientificName
  • Cambio de obligatoriedad
    • El elemento catalogNumber deja de ser obligatorio y pasa a ser condicional.
    • El elemento type deja de ser recomendado y pasa a ser obligatorio.
    • El elemento otherCatalogNumbers deja de ser obligatorio para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos.
    • El elemento datasetName pasa a ser obligatorio para registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especÌmenes o acceso a recursos genéticos.
    • El elemento datasetID pasa a ser obligatorio para los registros biológicos colectados bajo un permiso de recolección de especímenes o acceso a recursos genéticos.
    • El elemento preparations pasa a ser recomendado.
    • El elemento taxonRank pasa a ser obligatorio.
  • Cambios en las instrucciones
    • Actualización enlaces.
    • Se incluye una tabla describiendo los elementos obligatorios según el origen de los registros biológicos.
    • Creación de una nueva categoría de obligatoriedad: 'Elemento obligatorio para al menos un tipo de registro biológico y recomendado en al documentación de un buen registro biológico'.
    • Actualización menor en los textos.
    • Cambios menores en el diseño para mejor visibilidad de la tabla.
    • Actualización citación
Plantilla de Registros Biológicos v3.3

Revisada y editada 2017-11

Plantilla de Registros Biológicos v3.1

Revisada y editada 2017-04

Plantilla de Registros Biológicos v3.0

Revisada y editada 2013-11

Plantilla de Registros Biológicos v2.0

Revisada y editada 2013-05

Plantilla de Registros Biológicos v1.0

Revisada y editada 2012

Plantilla CR-SiB v1.0

Creada en 2014-05. A partir de 2019-09 se unifica con las plantillas de publicación de registros biológicos v3.5.


Listas de especies

Use esta plantilla si sus datos:

  • Describen principalmente los atributos taxonómicos (nombre científico, taxonomía superior, nombre común, etc.) válidos para una especie o taxón.
  • Se les puede dar un alcance temático, filogenético o geográfico común a todos los taxones en la lista. Por ejemplo: “Lista de animales amenazados”; o un alcance espacial que establece límites geográficos a todos los taxones en la lista , por ejemplo “Plantas de Chocó”.
  • Tienen idealmente un soporte que permite confirmar su alcance: registro biológico, información secundaria (literatura), etc.
Descargar última versión v3.2

Revisada y editada 2017-11

Historial de versiones Plantilla de Listas v3.0

Revisada y editada 2013-11

Plantilla de Listas v2.0

Revisada y editada 2013-05

Plantilla de Listas v1.0

Revisada y editada 2012


Eventos de muestreo

Use esta plantilla si sus datos:

  • Provienen de protocolos estandarizados para medir y observar la biodiversidad, con una medida de la abundancia de especies en la muestra.
  • Corresponden a muestreos realizados a lo largo del tiempo en parcelas permanentes, censos estandarizados, muestras de suelos para análisis metagenómicos, caracterizaciones de fitoplancton, etc., con un identificador del evento claramente establecido.
  • No solo documentan atributos de un registro biológico, sino también el detalle suficiente para determinar la composición de una comunidad o abundancia relativa de las especies en diferentes momentos del tiempo.
Descargar última versión v1.1

Revisada y editada 2014-05

Extensiones

https://tools.gbif.org/dwca-validator/extensions.do Use esta plantillas si sus datos:

  • Incluyen rasgos funcionales (medidas) del organismo representado en los registros biológicos.
  • Incluyen recursos multimedia como imágenes, videos, sonidos, etc. almacenados en un repositorio externo y cuyos contenidos pueden ser accedidos vía URL.
  • Corresponde a listas de especies con información de distribución de la especie, tales como país, localidad, habitat, estado de amenaza, etc.
Permisos GGBN

Revisada y editada 2022-03

Medidas o Hechos

Revisada y editada 2021-06

Multimedia Simple

Revisada y editada 2021-06

Distribución de especies

Revisada y editada 2021-06