Es la instancia que representa los intereses de los socios del SiB Colombia y el medio por el cual se toman decisiones colectivas. Se encarga de evaluar los lineamientos para el funcionamiento del SiB Colombia y direccionar las estrategias y recursos. La conformación del CD-SiB se alinea con las directrices definidas en la Resolución 1484 de 2013 para el Sistema de Información Ambiental de Colombia (SIAC), del cual el SiB Colombia es un subsistema de información y con el esquema de coordinación de la Estrategia Nacional del Inventario de la Biodiversidad (Enibio). Está conformado por los siguientes miembros:

	Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible Delegados Comité Directivo - Por confirmar
	Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras “José Benito Vives de Andreis” Delegados Comité Directivo - Francisco A. Arias Isaza (principal) - David Alonso Carvajal (suplente)
	Instituto de Investigaciones Ambientales del Pacífico Delegados Comité Directivo - William Klinger Brahan (Principal) (principal) - Jimmy Geovanny Lloreda (suplente)
	Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Delegados Comité Directivo - Hernando Garcia (principal) - José Manuel Ochoa (suplente)
	Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas Sinchi Delegados Comité Directivo - Luz Marina Mantilla Cárdenas (Principal) - Marco Ehrlich (suplente)
	Parques Nacionales Naturales de Colombia Delegados Comité Directivo - Pedro Orlando Molano Pérez (Principal) - Carolina Jarro (suplente)
	Universidad Nacional de Colombia Delegados Comité Directivo - Gonzalo Andrade (Principal) - Johanna Castiblanco (suplente)
	Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales IDEAM Delegados Comité Directivo - Yolanda González (Principal) - Ana Celia Salinas Martín (suplente)