Es la instancia que representa los intereses de los socios del SiB Colombia y el medio por el cual se toman decisiones colectivas. Se encarga de evaluar los lineamientos para el funcionamiento del SiB Colombia y direccionar las estrategias y recursos. La conformación del CD-SiB se alinea con las directrices definidas en la Resolución 1484 de 2013 para el Sistema de Información Ambiental de Colombia (SIAC), del cual el SiB Colombia es un subsistema de información y con el esquema de coordinación de la Estrategia Nacional del Inventario de la Biodiversidad (Enibio). Está conformado por los siguientes miembros:

	Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible - Sandra Patricia Vilardy Quiroga, Viceministra de Políticas y Normalización Ambiental
	Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras “José Benito Vives de Andreis” - Francisco A. Arias Isaza, Director General - David Alonso Carvajal, Coordinador Programa de Biodiversidad y Ecosistemas Marinos (suplente)
	Instituto de Investigaciones Ambientales del Pacífico - William Klinger Brahan, Director General - Jimmy Geovanny Lloreda, Coordinador de Sistemas (suplente)
	Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt - Hernando Garcia, Director General
	Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas - Sinchi - Luz Marina Mantilla Cárdenas, Directora General - Marco Ehrlich, Subdirector Científico y Tecnológico (suplente)
	Parques Nacionales Naturales de Colombia - Luisz Olmedo Martínez Zamora, Director General - Carolina Jarro, Subdirectora de Gestión y Manejo de Áreas Protegidas (suplente)
	Universidad Nacional de Colombia - Gonzalo Andrade, Director ICN - Johanna Castiblanco, Vicerrectoría de Investigación (suplente)
	Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales - IDEAM - Ghisliane Echeverry Prieto, Directora General - María Yuly González, Subdirectora de Ecosistemas e Información Ambiental (suplente)